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广泛使用的方法用于确定凋亡，包括基于琼脂糖凝胶电泳的基因组DNA分析以及基于3H-胸苷或5-溴-2′-脱氧-尿苷的DNA片段检测。该方法包含在特定的细胞群中将片段化的低分子量DNA与未片段化的高分子量DNA进行分离。因此，这些方法并不提供关于在特定细胞群或特别是组织切片中某个独立细胞命运的信息。或者，独立的凋亡细胞可能因其特征性的核染色质堆叠和片段而可通过显微镜进行识别，但这种方法具有主观性并受限于形态发生最大变化这一相对窄的时间窗口。
凋亡的标志是DNA的降解，而这在早期是对核小体间DNA连接体区域是有选择性的。DNA的切割可能会产生双链和单链的DNA断裂（切口）。两种类型的断裂都可在酶促反应中利用修饰的核苷酸（如生物素-dUTP、DIG-dUTP、荧光素-dUTP）的游离3′-OH端标记而被检测到。这些酶末端转脱氧核苷酰酶（TdT）可催化脱氧核糖核苷酸的模板非依赖性聚合至单链及双链DNA的 3′-末端。这种方法也被称之为TUNEL(TdT-介导的 dUTP-X 缺口 末端标记)。或者，游离的3′-OH基团可能通过一种称为切口翻译的模板依赖机制而利用DNA聚合酶被标记。然而，TUNEL法被视为更为敏感且快速的。
试剂盒用于在单细胞水平对凋亡进行检测和定量，基于对DNA链断裂的标记（TUNEL技术）；通过荧光显微镜或流式细胞仪进行分析。 |
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